„Am 26.11.1343 verleiht Abt Eberhard von Reichenau dem Ulrich Walter von der Alten Klingen einen Weingarten zu Herdern und die Mühle unter Herdern, die beide Konrad der Bettler von ihm zu Lehen hat. Am Sonntag vor Auffahrt 1392 verpfändet Ulrich der Bettler von Herdern die Tiefenmühle an die Brüder Heinrich und Konrad von Eppenberg in Frauenfeld um 41 Gulden.“ (Die alten Mühlen im Thurgau von Hans Nater, Nov. 1971).
In dem nachweislich rund 700-jährigem Bestehen der Tiefenmühle ist viel Spannendes passiert. Nebst jahrhundertelangem Mahlbetrieb diente die Tiefenmühle im Mittelalter zeitweise als Sägerei sowie Gasthaus, an dem Speisen und Wein ausgeschenkt wurden. Nach diversen Besitzerwechseln wurde im 19. Jahrhundert der Mühlenbetrieb ganz eingestellt und eine „Lumpenfabrik“ entstand. Aus dieser entwickelte sich eine Weberei, welche 1877 niederbrannte. August Kopp baute das ausgebrannte Haus erneut zu einer Mühle aus. Das damals 3-stöckige Haus ging am 26.08.1895 jedoch erneut in Flammen auf, nachdem eine Dampfmaschine, welche das Wasserrad unterstützte, Feuer gefangen hatte. Im Jahre 1923 übernahm der Baselbieter Adolf Nyffenegger die Tiefenmühle in einem schlechten Zustand (Die alten Mühlen im Thurgau von Hans Nater, Nov. 1971). Dieser baute die Kundenmüllerei sowie den kleinen, dazugehörigen Landwirtschaftsbetrieb schrittweise auf. 1945 übernahm sein Sohn Hans Nyffenegger die aufstrebende Tiefenmühle. Mitte der 60er Jahre übernahm wiederum sein Sohn, Max Nyffenegger den Betrieb. Er beendete die Landwirtschaft und verpachtete das vorhandene Landwirtschaftsland. Max Nyffenegger modernisierte die Mühle von einer kleinen Kundenmüllerei in eine grössere Futterwarenmühle. Der Familienbetrieb produzierte bis ins Jahr 2000 jährlich zwischen 3‘000 und 4‘000 Tonnen Mischfutter für diverse Nutztierarten. Nach der Stilllegung erfolgte der Rückbau der teilweise riesigen Maschinen und Getreidesilos. Max Nyffenegger restaurierte mit grosser Sorgfalt die alten, zum Teil stark abgenutzten Mauern, Decken und Böden zu einem schönen Saal im Erdgeschoss. Dabei wurden die historischen Grundstrukturen bewusst hervorgehoben.
Der Seebach als treibende Kraft
Die Geschichte der Tiefenmühle ist eng mit dem Seebach verknüpft. Bis 1924 wurden unterschied-lichste Mahl-, Säge- und Webemaschinen direkt vom Wasserrad über komplexe Transmissionen angetrieben.
Ab 1924 ersetzte Adolf Nyffenegger die veraltete Antriebstechnik durch einen Generator, welcher die neuen Gerät-schaften mit Strom versorgte. 1927 ersetzte er das Wasserrad durch eine effizientere Francis-Turbine. Diese Turbine – hergestellt in Frauenfeld – produziert heute noch Strom für die Tiefenmühle.